Este kit, que aún se encuentra en fase de prueba pero en proceso de ser validado por el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE) y con subregistro ante Cofepris, es resultado de la colaboración de los investigadores de Cinvestav con dos empresas mexicanas: Prothesia y C3 Internacional.
Temperatura alta, tos seca, pérdida del olfato y el gusto. Una persona que de pronto se ve afectada por estos síntomas sospecha, coherentemente, que puede haberse infectado de Covid-19.
La única forma de confirmarlo o descartarlo es a través de una prueba diagnóstica, por lo que debe trasladarse a algún sitio donde le tomen una muestra, como los kioscos desplegados a lo largo de la CDMX, o algún laboratorio certificado o del Gobierno.
En todo esto, el riesgo potencial de la persona con sospecha de la enfermedad se puede multiplicar a todos aquellos con los que convive en el transporte público, con quienes espera en la fila para la toma de muestra y hasta con el propio personal sanitario que le atiende.
Dispersión sin límites del virus para la que un kit de automuestreo que elimine toda necesidad de traslado e intermediarios podría representar una solución, tal como consideran los científicos del Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (Langebio), del Cinvestav, que ya lo han desarrollado.
“La idea de este kit de automuestreo de SARS-CoV-2 es que se pueda llevar a las casas de las personas, o a las empresas para que lo distribuyan entre sus empleados de manera masiva y directa.
“La persona solita se toma la muestra, la guarda en tubos especiales para un transporte seguro de la muestra, y ese kit se entrega a un laboratorio que hace el diagnóstico por PCR”, detalla en entrevista la bióloga Angélica Cibrián Jaramillo, investigadora titular del Langebio, en la Unidad de Genómica Avanzada de Cinvestav, sede Irapuato.
Un desarrollo que, continúa Cibrián Jaramillo (CDMX, 1975), responde al enorme reto de realizar muestreos a contagiados asintomáticos, a quienes el sistema de salud difícilmente diagnosticará por su falta de síntomas graves, pero que dispersan sin pista alguna el virus.
Por ello, el kit busca que cada quien pueda tomarse tanto su propia muestra nasofaríngea y bucal como de saliva, y estabiliza el ARN y el ADN de manera que se pueda hacer un diagnóstico o incluso un análisis de otro tipo para investigación científica, precisa la investigadora del Langebio.
Todo esto con la ventaja de ser mínimamente invasiva, en contraste con la incómoda y hasta dolorosa toma de muestra tradicional.
“Como tiene un hisopo un poquito más pequeño, puedes tomarte la muestra prácticamente sin incomodidad, y aún así el RNA y el DNA se pueden recuperar bien. Te tomas la muestra de la nariz o esputo, guardas el hisopo en los tubos y mandas el kit, y se puede realizar la prueba de RT-PCR con confiablidad total”, reitera la maestra en genómica comparada por la Universidad de Massachusetts, y doctora con especialidad en ecología, evolución y biología ambiental por la Universidad de Columbia.
Este kit, que aún se encuentra en fase de prueba pero en proceso de ser validado por el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE) y con subregistro ante Cofepris, es resultado de la colaboración de los investigadores de Cinvestav con dos empresas mexicanas: Prothesia y C3 Internacional.
La primera, especializada en materiales médicos, se encargó del desarrollo mismo del kit; mientras que C3 Internacional, compañía dedicada a hacer análisis bioinformáticos, está ayudando con los análisis y la trazabilidad de los datos, detalla Cibrián Jaramillo.
“El kit trae un código QR, lo escaneas con tu celular y puedes acceder a la plataforma para meter datos de manera muy rápida. Y eso permite una trazabilidad en tiempo real”, apunta la doctora.
“Si eres el dueño de una empresa o un funcionario de Gobierno con 200 empleados, no tienes que estar llenando y tomando datos en el momento. No hay el intermediario tampoco en ese paso, que también es muy importante porque expones a la gente y se corre un riesgo de cometer errores a mano”.
En esta primera fase han aplicado con éxito más de 600 kits de automuestreo con apoyo del Cinvestav en un proyecto piloto, y no requieren sino que se apliquen más para poder validar los datos con que ya cuentan de manera preliminar.
“Tenemos mucho apoyo institucional por Cinvestav Zacatenco para poder avanzarlo, y esperamos que Cofepris nos dé una respuesta pronto, que esté validado”, comparte.
Covid frente al microbioma
Por más importante y funcional que este kit de automuestreo resulta en sí mismo, su desarrollo forma parte de un esfuerzo mucho más amplio por entender el SARS-CoV-2 y menoscabar su pandémico azote.
Un proyecto que, a través de los datos obtenidos mediante las muestras, busca caracterizar los virus y bacterias del microbioma humano en su asociación con el Covid-19.
“O sea, sabemos que las bacterias son muy importantes para la salud humana; entonces, suponemos como hipótesis biológica que las bacterias que uno tiene en el cuerpo juegan un papel clave en que te pongas grave o no (al enfermar por Covid-19)”, explica Cibrián Jaramillo, responsable del proyecto “El viroma de SARS-CoV-2 y su microbioma asociado”.
“(Lo mismo con) todo el conjunto de virus que traemos normalmente -virus de la influenza, otros coronavirus-, y cómo podrían estar interactuando todo este universo de microorganismos en volverte más grave o más susceptible”.
A partir de estas inquietudes, adelanta la bióloga, una posibilidad es el eventual desarrollo de probióticos o prebióticos para prevenir una infección severa de este coronavirus.
“Alertas a tu sistema inmune con el probiótico o prebiótico, y entonces ya expuesto ante el SARS-CoV-2, de manera que podrías modular la respuesta del sistema inmune y ponerte menos grave”, sostiene.
Aunado a esto, los científicos participantes en el proyecto también buscan conocer las variaciones genéticas del virus en México, así como su evolución con respecto a otras poblaciones de América y el mundo.
“Para eso también desarrollamos el kit, porque una vez que capturamos esas muestras, puedes hacer secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 -que es lo que estamos haciendo actualmente-, y ver qué te dicen las variantes conforme van apareciendo o cambiando”, dice Cibrián Jaramillo.
“No nada más saber de dónde vino, que es con lo que puedes hacer redes de contagio, ver cómo se está moviendo y quiénes son los super dispersores y quiénes no; sino que, además, cómo se compara con el resto del mundo, porque ya sabemos que hay variantes que están surgiendo a nivel mundial que o lo podrían volver más peligroso o son distintas y quizá la vacuna ya no funcione”.
Y, sobre todo, este estudio también persigue la búsqueda de zonas específicas del genoma del virus para el diseño de fármacos que ataquen precisamente ahí.
El proyecto resultó seleccionado en una convocatoria de Conacyt, y ha recibido alrededor de 1.9 millones de pesos. Recurso que ha sido utilizado principalmente para financiar los nada menores gastos de secuenciación, señala la doctora.
Al darse cuenta que la manera en como se realiza el muestreo a nivel nacional únicamente es para diagnosticar la presencia del SARS-CoV-2, pero que no serviría para recuperar los microbiomas de bacterias ni de virus, los científicos optaron por hacer su propio kit para tomar las muestras.
Desarrollo logrado en un destacado lapso de sólo cinco meses, cuando normalmente hubiera tomado al menos un año.
“La verdad es que sí fue un reto enorme. Estamos como los equipos de las vacunas: innovando a fuerza y marcha forzada”, remarca Cibrián Jaramillo, para quien resulta muy importante la rápida respuesta de los jóvenes de Prothesia.
“Fue muy rápido, y es en respuesta muy genuina de estas personas, que en realidad son chavos y chavas jóvenes, de aportar a este problema. En realidad todos estamos motivados por eso; todos pusimos en pausa nuestra propia investigación”.
En el caso de la bióloga, dejó momentáneamente de lado su trabajo sobre las bases genómicas de la domesticación de plantas de Mesoamérica y la función de los microbiomas en la evolución de las plantas, usando como modelos biológicos las cícadas, el chile y la vainilla.
¿Qué tan complejo fue pasar de estudiar todo esto en plantas a hacerlo en virus y humanos?
Fíjate que no es tan distinto en el sentido que la hipótesis es muy parecida. Queremos saber el papel de las bacterias en la capacidad de adaptación de plantas de linajes antiguos o plantas domesticadas al medio ambiente, y a cambios que incluyen enfermedades.
Esa visión más abstracta de la importancia de los microorganismos en la evolución de los eucariontes, o sea, de plantas, humanos, en fin, ya está ahí, y ya llevamos ocho o nueve años trabajando en eso y utilizando herramientas genómicas; somos expertos en herramientas genómicas y bioinformática. Entonces no era tan alejado aplicarlo a un problema de interacciones entre microbios y humanos.
Transferencia, pues, de ese conocimiento en plantas a esta nueva hipótesis, en un proyecto que se trabaja interdisciplinariamente entre especialistas en genómica del Langebio, como el investigador Francisco Barona, varios estudiantes de posdoctorado, y expertos de otras áreas e instituciones, incluidos el Instituto de Biotecnología de la UNAM o el Centro de Investigación en Matemáticas (Cimat).
“Hubo muchas sesiones de conversaciones con los matemáticos. Queríamos que ellos integraran la idea de los microbios como una variable en sus modelos epidemiológicos; que también se considerara tu composición microbiana en eso. Eso, y ayudar a encontrar a los súper dispersores; o sea, hacer modelos para identificar un sitio o grupo de personas que están dispersando más de lo normal, y de ahí, ver qué podrías hacer para predecir hacia dónde van.
“Esas conversaciones fueron difíciles porque hablamos idiomas que, a pesar de que somos ciencias duras, biología y matemáticas, nada que ver; nuestro pensamiento es muy distinto.
“Entonces, sí fue todo un reto”, admite Cibrián Jaramillo.
Todo esto, añade, con la propia tensión emocional y la incertidumbre que la contingencia sanitaria les impone, como al resto de las personas cuya normalidad se vio trastocada.
Con el reporte técnico del proyecto entregado, y a la espera de la validación del kit de automuestreo, los científicos continúan secuenciando, pendientes del primer grupo de resultados.
“Estamos muy emocionados”, expresa Cibrián Jaramillo.
A dos meses de que el Senado de la República aprobara la extinción de 109 fideicomisos públicos, incluido el del Cinvestav, las partes afectadas continúan en la incertidumbre sobre cómo lograrán sortear tal pérdida.
En el caso de la bióloga Angélica Cibrián Jaramillo, investigadora titular del Langebio de dicho centro, el recurso del extinto fondo apoyaba y soportaba toda la operatividad en torno a la investigación.
“(Con el fideicomiso se pagaba) el mantenimiento del laboratorio, el pago de honorarios de mi auxiliar -que es fundamental para que yo pueda hacer este tipo de cosas- y, en general, el mantenimiento de los equipos. Tenemos ultracongeladores de menos 80 grados donde tenemos todas las muestras.
“Toda esa inversión en infraestructura se puede perder sin apoyo del fideicomiso porque no hay quien mantenga, no hay cómo pagar la luz, no hay cómo pagar estos servicios técnicos y administrativos que nos soportan”, alerta la científica, quien en su momento se sumó al reclamo generalizado del gremio científico para evitar la eliminación de estos fondos.
Es, ilustra, como si le quitaran todas las herramientas.
“Se me queda nada más la idea, pero no hay como ejecutarla a pesar de tener presupuesto, porque muchas veces los fondos de presupuesto nacionales no permiten, por ejemplo, comprar computadoras tan fácilmente. Yo no tendría manera de hacer lo que estoy haciendo, ni de chiste, sin el fideicomiso”, indicó la bióloga.
“(Ahora), estamos a la espera de ver qué va a pasar, porque si no, tenemos que ver alternativas muy rápidamente, y pues está difícil. Es una situación compleja, y más ahorita que estamos todos en medio de circunstancias muy inusuales.
“La idea de este kit de automuestreo de SARS-CoV-2 es que se pueda llevar a las casas de las personas, o a las empresas para que lo distribuyan entre sus empleados de manera masiva y directa. La persona solita se toma la muestra”.
Información Milenio, Reforma, AM
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